Hubungan Republik Indonesia dengan Malaysia, saat ini berada dalam situasi menghangat, menyusul klaim Malaysia terhadap blok Ambalat di laut Sulawesi. Hal ini berawal dari penjualan hak eksplorasi blok Ambalat yang kaya minyak oleh perusahaan minyak Malaysia, Petronas kepada perusahaan minyak Belanda, Shell. Indonesia merasa yakin kawasan blok Ambalat ini termasuk ke dalam wilayah NKRI, dan bahkan sebelumnya pemerintah RI sudah menjual hak eksplorasi minyak di kawasan ini kepada perusahaan minyak Unocal. Secara diplomatic, RI sudah melayangkan protes resmi kepada pemerintah Malaysia. Namun, yang agak mengkhawatirkan, kekuatan militer kedua negara sudah mulai terlibat dalam konflik, meskipun dalam skala kecil. Saat ini ada tujuh kapal perang TNI AL yang berpatroli di kawasan konflik dengan dukungan beberapa pesawat pengintai. Patroli, sekaligus unjuk kekuatan militer itu dilakukan menyusul adanya pesawat AL Malaysia yang berpatroli di wilayah RI. Dalam perkembangannya sempat terjadi ketegangan antara kedua pihak, pada saat KRI Rencong TNI AL terlibat manuver dengan sebuah kapal perang Malaysia.
Akhir-akhir ini hubungan RI-Malaysia tidak begitu harmonis, karena beberapa masalah yang melibatkan kedua negara. Sebelum ini, masalah TKI illegal juga sempat menganggu hubungan kedua negara, meskipun kemudian dapat diselesaikan secara baik. Namun, masalah saling klaim di Ambalat akan menjurus ke konflik yang serius bila tidak segera diselesaikan. Pada masa pemerintahan Presiden Megawati Soekarnoputri, Indonesia juga kehilangan Sipadan dan Ligitan yang jatuh ke tangan Malaysia.
Banyak pihak yang menyarankan pemerintah SBY agar bertindak secara tegas dalam masalah Ambalat ini, kerena hal ini menyangkut kedaulatan NKRI. Latar belakang militer presiden SBY membuat beliau tidak ragu-ragu menggunakan kekuatan militer untuk mempertahankan wilayah RI. Namun demikian,ada juga pihak yang mengkritik pemerintah.
Cara menyelesaikan konflik tersebut seharusnya mengadakan perundingan pihak terkait agar mencari jalan keluar secara bersama-sama dan tidak dengan kekerasan.